Im Jahr 1677 zerstörte ein Brand das alte Rathaus. Den Neubau errichteten einheimische Bauhandwerker, in der Hauptsache der einheimische Maurermeister Dominikus Haller und der Zimmermeister Bartholomäus Bauer. Im Jahr 1852 erfolgt die erste Restaurierung, der weitere Renovierungen folgten.

Am 31. März 2000 konnte nach zweijähriger Bauzeit eine umfassende Sanierung und die Fertigstellung des Erweiterungsbaues abgeschlossen werden.

Im Rathaus sind die Dienststellen der Verwaltungsgemeinschaft Gundelfingen a.d.Donau untergebracht.